Fue uno de los segundos clubes de Costa Rica en formarse. Fundado en el cantón de San Isidro, con el nombre de U.D. San Francisco tuvo una larga participación en los Torneos Distritales de La Amistad y Los Pueblos y la 3ra. División. El Club comienza en las décadas de los 70´s a disputar los torneos amistosos y oficiales.
Entre tanto, el equipo isidreño participaba en el campeonato provincial. Véase como a la par del campeonato nacional aficionado (Federación Nacional de Fútbol), el club competía en campeonatos de la provincia de Heredia y organizaba, o apoyaba, campeonatos interdistritales.
A inicios de 1980 es que el club ingresó en el fútbol organizado de la mano de su entrenador el Señor Antonio Rubí Marín. Para aquel entonces San Francisco juega la eliminatoria inter regional por Heredia (Segundas Divisiones B de COFA), pero es San Pedro de Santa Barbara el monarca provincial.
Y fueron cinco años en que el equipo militó en aquella categoría por la provincia de Heredia. Siendo su cancha sede la Plaza de Deportes de San Francisco, no obstante debieron moverse y en su momento utilizar la Cancha Estadio de Concepción de San Isidro. Ya que esta si cumple con las medidas reglamentarias para la buena practica del fútbol, avalado y auspiciado por FEDEFUTBOL- ANAFA (LINAFA).
Además en 1985 Jorge fue goleador de ANAFA con San Josecito de San Isidro (C. Deportivo España); logrando que su equipo avance a la eliminatoria nacional, dejando en el camino a los bravos de San Rafael, con Carlos Luis Lobo como referente.
También el Municipal Rebeldes Barveño, Muñóz Corea de Cubujuquí, Yurusty de San Domingo, Independiente de San Joaquín, La Puebla de San Pablo, La Ribera Belemita, Condor de San Francisco de Heredia y Santa Bárbara que eran dirigidos por Carlos Luis Hernandez Salazar "cova". Reforzado con figuras como William Mejía y sin olvidar a los foraneos y excelentes refuerzos Ademar Vargas, Martin Masis, Victor Julio Esquivel, entre otros grandes que jugaron en el cantón barbareño.
Para el campeonato 1987 los albicelestes de la Saka son campeones por la provincia de Heredia en Tercera División de Ascenso por ANAFA; ganándole a la Selección de Santa Bárbara (Club Deportivo San Bosco). Estuvieron en disputa de aquel torneo los representantes cantonales del Deportivo Los Campos de San Pablo, Barva F.C, Costarricense Belemita, Real Deportivo San Rafael, Audax de Heredia, Parasito de Santo Domingo y Flores.
A nivel inter regional los alvicelestes de San Francisco disputan el cetro nacional en la Zona D la ronda inter regional ante la U. Deportiva Santa Marta de Grecia y Club Deportivo Aleman de La Uruca.
Nota importante: En 1987 San Francisco La Saka se refuerza con el ex jugador de las Promesas del Club Sport Herediano, Liberia y Sarchi Jorge Villalobos "manzano" que en 1986 logra el cetro distrial y cantonal de San Isidro con la A.D. Tournón.
Asoc. Unión Deportiva San Francisco de San Isidro
Campeón de Tercera División ANAFA por la Provincia de Heredia 1987
De pie de izquierda a Derecha: Mario Ramírez Hernández (Guardameta), Gerardo Umaña Villalobos, Emanuel Solís Ramírez, Oscar Valerio Madrigal, Minor Piedra Alfaro,Hernán Barquero Leitón, Rigo Alberto Hernández, Wilbert Porras Cháves, Walter Arguello Fonseca, Silvio Hernández Hernández, Oscar Ramírez Hernández (Guardameta).
De cuclillas de izquierda a derecha: Oscar Villalobos González, Rafael Angel Rubí Marín, Claudio Enrique Cordero Ramírez, Johnny Vargas, Rodolfo Arrieta Gamboa, Edgar Zúñiga Campos, Israel Ramírez Araya, William Chacón Ramírez y Jorge Luis Villalobos Rodríguez.
Tercera División de ANAFA 1988
Para 1988 La Zaka (San Francisco) vuelve a la carga y son subcampeones por Heredia. Perdiendo la final regional ante C.D. Caribe de Mercedes Norte.
Fue hasta 1989 por el campeonato provincial de Terceras Divisiones de ANAFA. Dedicado al Diputado Allan Benavides Vilchez, que la Unión Deportiva San Francisco de San Isidro logra otra vez el título cantonal y juega la cuadrangular final frente a la Selección de Santa Bárbara (Club Deportivo Machado) , Club Deportivo Diablos Rojos de San Pablo y el representativo Banfield de Barva; siendo San Francisco que se corona campeón. Estaban la A.D. Belenense, A.D. Ajax de Heredia Centro, A.D. San Rafael, San Gerardo de San Luis en Santo Domingo y Racing F.C.
Segun los datos, exactamente el domingo 8 de octubre del 89, que Santa Barbara pierde 2 por 1 en la cancha de la Saka (San Francisco). Y 22 dias despues (domingo 29 de octubre). La U.D. San Francisco vuelve a ganar de visitante 3 goles por 1, esto en la cancha de San Pedro; donde los de Santa Barbara deberian conformarce con el subcampeonato provincial.
En la ronda nacional San Francisco logra un segundo lugar ante la Selección de San José (Centro Deportivo Alvaro Banchs de Escazú) y sube la Segunda B de ANAFA donde se mantiene hasta la temporada 1997-98 y desciende nuevamente a terceras de ascenso.
A nivel de cuarta división de ANAFA. La Unión Deportiva San Francisco clasifica por el título nacional con la A.D. Ramonense, A.D. Pococí, ASODELI, Pérez Zeledón, Deportivo Lac de Hatillo, Barriada de Puntarenas, Centro de Sport de SAN josé, Municipal Moravia, Nandayure y Upala.
CAMPEONES DISTRITALES Y CANTONALES DE TERCERA DIVISION POR SAN ISIDRO DEL AÑO 1962 A 1990
Las siglas M.R significan Monarca Regional.
1962- C.D. Quesada
1963- C.D. Quesada
1964- C.D. Quesada
1965- C.D. Quesada
1966- C.D. Quesada
1967- C.D. Quesada
1968- C.D. Juventud Isidreña
1969- C.D. Quesada
1970- C.D. Quesada
1971- C.D. Quesada
1972- C.D. Quesada
1973- C.D. Quesada
1974- C.D. Quesada
1975- C.D. Quesada
1976- C.D. Quesada
1977- C.D. Quesada
1978- C.D. Quesada
1979- C.D. Quesada
1980- U.D. San Francisco
1981- A.D. Quesada
1982- A.D. Quesada
1983- A.D. Quesada
1984- A.D. Tournón
1985- C.D. España San Josecito (M.R)
1986- A.D. Tournón
1987- U.D. San Francisco (M.R)
1988- U.D. San Francisco
1989- U.D. San Francisco (M.R)
1990- A.D. Estrella Roja
Para el año 2009 la U.D. San Francisco es campeón de la región 9 de Heredia (Tercera División de LINAFA), y asciende a la Primer Liga Superior Aficionada.
La cancha oficial del club fue el Estadio de Concepción de San Isidro y la sede social estuvo en el mismo distrito.